بدأت الجامعة كفرع لجامعة الزقازيق ففي 25/1/1976 صدر القرار رقم 1143 بإنشاء فرع لجامعة الزقازيق يضم كليات التجارة والعلوم والتربية ببنها والطب البيطري بمشتهر وأصبح الفرع يضم 12 كلية وبتاريخ 7/3/2005 صدر القرار الجمهوري رقم 84 لسنة 2005 الخاص بإنشاء جامعة بنها وفيما يلي نص القرار الجريدة الرسمية العدد 9 مقرر في 8 مارس سنة 2005 قرار رئيس جمهورية مصر العربية رقم 84 لسنة 2005 بإنشاء ثلاث جامعات جديدة وتعديل بعض أحكام اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات رئيس الجمهورية بعد الإطلاع على الدستور : وعلى قانون تنظيم الجامعات الصادر بالقانون رقم 49 لسنة 1972 وعلى قرار رئيس الجمهورية رقم 809 لسنة 1975 باللائحة التنفيذية لقانون رقم 49 لسنة 1972 في شأن تنظيم الجامعات: وبعد موافقة المجلس الأعلى للجامعات : وبعد موافقة مجلس الوزراء: وبناء على ما عرضه وزير التعليم العالي ووزير الدولة لشئون البحث العلمي: قـــــــــــــــــــــرار (المادة الأولي) تنشأ بالإضافة إلى الجامعات المنصوص عليها المادة (2) من قانون تنظيم الجامعات المشار إليه ثلاث جامعات جديدة على النحو التالي : جامعة بنها ومقرها مدينة بنها جامعة الفيوم ومقرها مدينة الفيوم.
الجريدة الرسمية-العدد 9 (مكرر) في 8 مارس سنة 2005 (المادة الثانية) يلغى فرعا جامعة القاهرة (فرع الفيوم , فرع بنى سويف) الواردان بالمادة (1) "أولا"من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات المشار إليه وتضم الكليات التابعة لفروع الجامعات الملغاة بنها والفيوم وبنى سويف على النحو الموضح بالمادة الثالثة من هذا القرار (المادة الثالثة) يضاف إلى أولا : "تكوين الجامعات " من المادة (1) من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات المشار إليها ما يلي : ثلاثة عشر – جامعة بنها.
- كلية التجارة.
- كلية الطب.
- كلية الطب البيطري.
- كلية التربية .
- كلية الهندسة بشبرا.
- كلية الزراعة بمشتهر.
- كلية الآداب.
- كلية الحقوق.
- كلية التربية الرياضية للبنين.
- كلية التربية النوعية.
- كلية التمريض.